本大隊隸屬於臺北市政府環境保護局,為本局所屬機關,置大隊長、副大隊長各1人,下設有勤務規劃督導組、裁罰及救濟組、執行及案管組、秘書室、第一中隊、第二中隊、第三中隊、第四中隊、人事室、會計室、政風室,共3個組、4個中隊及4個室,組織架構圖如下:
隊本部:包含大隊長、副大隊長、技士及約僱書記。
本大隊各單位職掌如下:
勤務規劃督導組:主要業務為勤務之調配、督導、考核及教育訓練事宜。
裁罰及救濟組:負責違反環境保護法規案件取締、告發之裁決事項。
執行及案管組:違反環境保護法規案件行政執行、罰鍰收繳、案件管理及資訊管理等事項。
秘書室:文書、檔案、出納、總務、財產之管理及其他不屬各組事項。
第一中隊:
主要違反環境保護法規案件稽查、取締、告發之執行事項。(行政區劃分為萬華區、中正區及文山區。)
第二中隊:
主要違反環境保護法規案件稽查、取締、告發之執行事項。(行政區劃分為信義區、大安區及南港區。)
第三中隊:
主要違反環境保護法規案件稽查、取締、告發之執行事項。(行政區劃分為中山區、松山區及內湖區。)
第四中隊:
主要違反環境保護法規案件稽查、取締、告發之執行事項。(行政區劃分為大同區、士林區及北投區。)
會計室:依法辦理歲計、會計及統計事項。
人事室:依法辦理人事管理及人事查核事項。
政風室:依法辦理政風事項。